Untuk mencapai keberhasilan misi, LPM IAI Al-Qolam Malang  mengembangkan struktur organisasi inti yang terdiri dari ketua dan  sekretaris. Selain itu, LPM IAI Al-Qolam Malang juga mewadahi kelompok auditor internal dan  kelompok asesor internal akreditasi.

Sesuai struktur organisasi LPM IAI AL-Qolam Malang menetapkan tugas  pokok  dan fungsi sebagai berikut:

Ketua LPM
  1. Menyusun dan mengembangkan SPMI berikut dokumentasinya di IAI Al-Qolam Malang
  2. Melakukan koordinasi, perencanaan, pemantauan dan evaluasi terhadap pelaksanaan tugas yang dilaksanakan oleh UPKA dan UPPKA
  3. Mengoordinir pelaksanaan, pemantauan dan evaluasi SPMI di IAI Al-Qolam Malang bekerjasama dengan Gugus Penjaminan Mutu (GPM) dan Unit Penjaminan Mutu (UPM)
  4. Mengoordinir pelaksanaan, pemantauan, evaluasi hasil audit mutu internal di semua unit kerja, berikut tindak lanjut perbaikan dan dokumentasinya
  5. Mengoordinir pengembangan sistem peringatan dini berbasis teknologi informasi (early warning system) untuk menjamin peningkatan kualifikasi akreditasi nasional.
  6. Mengoordinir pelaksanaan, pemantauan dan pelaporan sistem pendampingan penyusunan dokumen, serta persiapan visitasi akreditasi nasional.
  7. Mengoordinir pengembangan sumber daya manusia untuk menjamin peningkatan kualifikasi akreditasi nasional.
  8. Mengoordinir rekrutmen auditor pada pelaksanaan audit mutu internal
  9. Mengoordinir sistem cek plagiasi karya dosen dan mahasiswa
  10. Bertanggung jawab dalam pelaksanaan tugas LPM dan melaporkannya kepada Rektor melalui Wakil Rektor bidang akademik dan SDM
Sekretaris LPM
  1. Bertanggung jawab dalam perencanaan, pelaksanaan dan pengelolaan kaji ulang manajemen (management review), rapat rutin, rapat koordinasi, pengelolaan umpan balik, dan rapat evaluasi kegiatan.
  2. Bertanggung jawab atas penyusunan konsep laporan kegiatan rutin dan insidental di LPM berbasis teknologi informasi
  3. Bertanggung jawab atas pemutakhiran dan review profil, kegiatan dan rapat LPM berbasis teknologi informasi.
  4. Bertanggung jawab dalam pelaksanaan surat-menyurat yang berkaitan dengan LPM dan mengarsipkannya.
  5. Bertanggung jawab atas penyusunan konsep laporan kegiatan rutin dan insidental di LPM
  6. Bertanggung jawab kepada Ketua LPM.